当涂东站为线侧下式中型旅客车站,站房建筑面积4926平方米,站房地上二层,局部地下一层,主站房建筑高度为14.7米,站房长1191米、宽38米。采用两台四线的设计,其中到发线两条,正线两条,是宁安城际铁路过路站。